Primeiro verifique se essa variável já não está definida, abra um terminal e digite o seguinte:
echo $JAVA_HOME
Se aparecer o local correto da última versão do Java instalado, pare por aqui e está tudo OK! Caso contrário, se nada aparecer faça o seguinte no terminal:
sudo cp /etc/bash.bashrc /etc/bash.bashrc_backup
sudo gedit /etc/bash.bashrc
Adicione o seguinte no final do arquivo:
JAVA_HOME=/opt/jdk1.6.0/bin/java
export JAVA_HOME
Lembrando de trocar "/opt/jdk1.6.0/bin/java" pelo local correto da sua instalação. No próximo login, lembre-se de verificar se ela está definida corretamente:
echo $JAVA_HOME
Caso o JAVA_HOME esteja sendo definido de forma errada, você precisará encontrar onde é que ele está sendo definido para fazer a mudança. Comece procurando pelo arquivo de /etc/bash.bashrc e continue nos demais arquivos de inicialização do Linux.
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